GUIDData - это поток, на основании которого 1С определяет, является ли загружаемая конфигурация прямым наследником текущей. Если в него вглядеться в процессе его изменения, то становится ясным, что при каждом сохранении в начало файла (со смещением 20) дописывается кусочек из 16-ти байт, а в конце те же 16 байт удаляются. То есть получается некое FIFO.

Из этого можно сделать несколько выводов.

Вывод первый. Если мы в конфигуратор загрузили (в режиме "загрузить измененную конфигурацию") конфигурацию А1, и нажали кнопку "Сохранить", то в результате мы получим уже другую конфигурацию (назовем ее Б1), которая будет отличаться от А1 составом потока GUIDData. Соответственно, если потом внести изменения в конфигурацию А1 (получим А2), и попытаться загрузить А2 в Б1, то мы получим сообщение о том, что "Загружаемая конфигурация не является потомком текущей".

Описываемый эффект часто возникает в ситуации, когда программист сидит дома и пишет конфигурацию, а раз в три дня приезжает к клиенту и загружает ее как измененную. Обычно подобный эффект вызывает изумление. В данном конкретном случае, разумеется, подобное сообщение можно игнорировать. Если же экспериментировать не хочется, то для избежания подобных сообщений сразу после создания конфигурации Б1 ее нуно загрузить поверх А1 (Получим В1), и уже дальнейшее редактирование производить в В1.

Вывод второй. При коллективной раработке с помощью GComp, поток GUIDData можно полностью игнорировать и не коммитить вообще. Ибо проблему уникальности идентификаторов метаданных при коллективной разработке решают другими способами. Однако можно и коммитить - хуже не будет. А вдобавок, если коммитить GUIDData, то по истории одного этого файла можно отследить все изменения, сделанные в конфигурации.

Вывод третий, на первый взгляд парадоксальный. Поскольку длина потока GUIDData ограничена (32020 байт), а как уже было сказано, ротация элементов в нем происходит по принципу FIFO, то становится очевидным, что после определенного числа сохранений (а именно (32020-20) / 16 = 2000) 1С перестает узнавать прямых потомков конфигурации.